남북한 공동으로 극비리에 개발한 핵무기 비격진천뢰가 미국측에 양도되기로 결정된다. 이에 불만을 품은 북한장교 강민길은 핵물리학자 김수연을 납치, 비격진천뢰를 연구소에서 빼내 탈출을 시도한다. 그때, 433년 만에 지구를 지나는 엄청난 혜성이 한반도 상공을 통과하는데... 강민길 일행과 그를 추적하던 남한장교 박정우 일행은 압록강에서 대치중, 갑작스런 회오리 돌풍과 함께 흔적도 없이 사라진다.



돌풍이 사라진 후 정신을 차린 그들의 눈앞에 펼쳐진 것은 여진족들의 도끼와 화살이 허공을 가르는 무자비한 살육의 현장이다. 일행은 본능적으로 총을 들게 된다. 최첨단 현대무기의 위력에 놀란 여진족은 물러가고 일행은 동굴로 숨어든다. 그날 밤, 동굴로 잠입해 무기들을 훔쳐가는 괴사내가 있었으니... 그의 이름 이.순.신. 그들이 만난 이순신은 그해 무과에 응시했다 낙방한 채 허랑방탕한 시간을 보내고 있었다. 그 사이, 저자 거리엔 조정이 버린 양민들을 구하러 천군이 내려왔다고 소문이 번진다. 그들이 도착한 곳은 1572년 조선 변방마을 이었던 것이다.



여진족과의 전투에서 핵무기 비격진천뢰를 분실한 북측 군인들은 이를 찾아 나선다. 한편 이순신을 동경했던 박정우는 한량에 가까운 그의 모습에 실망한다. 자신이 무과에 급제시켜주겠다며 이순신을 훈련시키려 하지만 그는 무과시험을 다시 보지 않겠다며 버틴다. 그 와중에 이순신이 아끼던 마을 소녀가 여진족에게 죽임을 당하고 그 사건을 계기로 숨겨져있던 이순신의 영웅적인 면모가 서서히 드러난다. 여진족 본거지에서 숨겨져있던 핵무기를 다시 강민길이 다시 탈취해오자 여진족은 마을을 공격하려 하고, 이순신은 이들과 맞서 싸우겠다고 한다. 마침내 김수연이 다시 미래로 돌아갈 방법을 찾았지만, 이제 그들은 목숨을 건 선택을 해야만 한다. 이순신과 함께 맞서 싸울 것인가, 미래로 돌아갈 것인가...