새로운 작품에 대한 열정이 넘치던 영화감독 칼 덴햄(잭 블랙)은 거리에서 우연히 발굴한 매력적인 여인 앤 대로우(나오미 왓츠)와 지적인 시나리오 작가 잭 드리스콜(애드리안 브로디)과 함께 영화 촬영을 위해 지도상에도 존재하지 않는 미지의 공간인 해골섬을 찾아 떠난다.



그리고 수억만 년 전의 고대 정글이 고스란히 존재하는 해골섬에서 그들은 전설로만 들어왔던 거대한 킹콩과 맞닥뜨린다. 해골섬의 원주민들에게 붙잡혀 제물로 바쳐진 앤의 아름다움에 매료된 킹콩. 갑자기 섬에 존재하는 잔인한 공룡이 나타나 그녀를 공격하고 킹콩은 공룡과 혈전을 벌이며 그녀를 지켜낸다.



그러나 탐욕스러운 욕망에 사로잡힌 감독 덴햄은 킹콩이 앤에게 마음을 빼앗긴 틈을 타 킹콩을 뉴욕으로 생포해온다. 뉴욕 도심에서 사람들의 구경거리로 전락한 킹콩의 분노는 극에 달하고 야수의 본능을 드러내며 뉴욕 도심을 휩쓸기 시작한다. 인간들은 거대 병력을 동원해 킹콩에게 빗발치는 공격을 퍼붓고 킹콩은 공격을 피해 앤을 데리고 엠파이어 스테이트 빌딩으로 올라간다. 빌딩 꼭대기에서 거대한 위용을 드러내며 포효하는 킹콩. 사랑하는 앤을 보호하기 위해 잔인한 인간들에 맞서 처절한 사투를 벌이는데... 과연 거대한 야수 킹콩은 인간과의 대결에서 살아남을 것인가! 수억만 년 동안 잠들어있던 거대한 야수 킹콩의 전설이 드디어 뉴욕 도심을 뒤흔들며 다시 깨어난다!