레이 페리어(톰 크루즈 분)는 이혼한 항만 근로자로 아무런 희망 없이 매일을 살아간다. 그러던 어느 주말, 그의 전 부인(미란다 오토 분)은 아들 로비(저스틴 채트윈 분)와 어린 딸 레이첼 (다코타 패닝 분)과 주말을 보내라고 레이에게 맡긴다. 그리곤 얼마 안 있어 강력한 번개가 내리친다. 잠시 후, 레이는 그의 집 근처에 있는 교차로에서 그들의 삶을 영원히 바꾸어버릴 엄청난 사건을 목격하게 된다. 커다랗고 다리가 셋 달린 정체 불명의 괴물이 땅속 깊은 곳에서 나타나 사람들이 미처 반응도 하기 전에 모든 것을 재로 만들었다. 평범했던 하루가 갑자기 외부의 알 수 없는 침략자들의 첫 번째 지구 공격으로 그들 인생에서 가장 엄청난 사건이 일어난 날이 되어버린 것이다.



레이는 그의 아이들을 이 무자비한 새로운 적들로부터 보호하기 위해 급히 피난을 떠나, 파괴되고 황폐해진 도시를 가로지르는 여정에 오른다. 거기서 그들은 침략자들을 피하기 위해 필사적으로 도망치는 피난민들을 만나 합류하게 된다. 그러나 그들이 어디로 가든지 안전한 곳은 없고, 피난처도 없다. 단지 소중한 사람을 지켜내겠다는 레이의 확고한 의지만 존재 할 뿐인데.....